• Первый заместитель начальника таможни
• Заместители начальника таможни
• Отдел кадров и идеологической работы
• Отдел организационно-распорядительных документов
• Отдел бухгалтерского учета и контроля
• Сектор правового обеспечения
• Сектор собственной безопасности

Первый заместитель начальника таможни Тихенко Игорь Анатольевич:

• Отдел организации таможенного контроля
• Отдел анализа и контроля таможенных процедур
• Отдел анализа и управления рисками
• Отдел информационной безопасности и автоматизации таможенных операций
• Административно-хозяйственный отдел
  
• Бобруйский таможенный пост: ПТО 20734 «Бобруйск-Белтаможсервис»
• Отдел таможенных операций и контроля №1: ПТО 20711 «Могилёв-2»
• Отдел таможенных операций и контроля №2: ПТО 20733 «Могилев - Белтаможсервис», ПТО 20712 «Аэропорт Могилев»
• Отдел таможенных операций и контроля №3: ПТО 20720 «Кричевцементошифер»
  

Заместитель начальника таможни Падрез Юрий Геннадьевич:

• Отдел таможенных платежей
• Отдел тарифного регулирования
• Отдел взыскания таможенной задолженности
  

Заместитель начальника таможни Альшевская Виктория Александровна:

• Отдел по борьбе  с контрабандой
• Отдел таможенных расследований
• Оперативно-дежурный отдел
• Отдел таможенной инспекции